چکیده
مقدمه
مواد و روش ها
بخش آزمایشگاهی
داکینگ مولکولی
شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD)
نتایج و بحث
اندازه گیری طیف سنجی فلورسانس
اندازه گیری پراکنش نور رزونانس
طیف فلورسانس اتصال رقابتی بربرین و EB برای ctDNA و ctDNA-H1
مطالعات ویسکومتر بربرین کلرید
اثر NaCl و KI بر ctDNA-Berberine HCl و (ctDNA-H1) Berberine HCl
مطالعات نقطه فراگذر (Tm)
اندازه گیری طیف CD
تست سمیت سلولی MTT
شبیه سازی های MD
نتیجه گیری
چکیده
اتصال مولکول های کوچک با کمپلکس های هیستون- DNA می تواند باعث تداخل در فرایندهای حیاتی سلولی مانند تقسیم سلولی و رشد سلول های سرطانی شود که منجر به آپوپتوز می شود. مطالعه اثر متقابل مولکول های کوچک با کمپلکس هیستون- DNA با هدف درک بهتر مکانیسم عمل آن ها و همچنین طراحی ترکیبات دارویی جدید و مؤثرتر مهم است. خاموشی فلورسنت ct-DNA پس از برهمکنش با بربرین، اتصال بربرین به ct-DNA را با Ksv= 9.46 107 M1 تعیین کرده است. مقدار Ksv بربرین-ct-DNA در حضور H1، به میزان 3.10 107 M1 به دست آمد، که نشان می دهد که H1 موجب کاهش اتصال بربرین به ct-DNA می شود. در طیف انتشار رقابتی، اتیدیم برومید (EB) و آکریدین اورنج (AO) به عنوان intercalators از طریق اضافه کردن بربرین به کمپلکس های ct-DNA مورد بررسی قرار گرفت که شامل ctDNA-EB و ctDNA-AO است. گرچه در حضور هیستون H1، نشانه هایی از رقابت از طریق تغییرات القا شده در طیف های انتشار مشاهده شد، اما ظاهرا رقابتی بین لیگاندها و پروب ها وجود ندارد. نتایج ویسکوزیته، رفتارهای مختلف برهمکنش بین ctDNA و بربرین را در سیستم های دوتایی و سه تایی تایید کرده است. IC50 و درصد زنده مانی در سه دوره ی مختلف زمانی از برهمکنش بین بربرین و سلول های بنیادی MCF7 به دست آمد. آزمایش های مولکولی با دستیابی به نتایج حاصل از آزمایش MTT تکمیل شدند که به خوبی مطابق با مطالعات مدل سازی مولکولی است.
ABSTRACT
The binding of small molecules with histone-DNA complexes can cause an interference in vital cellular processes such as cell division and the growth of cancerous cells that results in apoptosis. It is significant to study the interaction of small molecules with histone-DNA complex for the purpose of better understanding their mechanism of action, as well as designing novel and more effective drug compounds. The fluorescence quenching of ct-DNA upon interaction with Berberine has determined the binding of Berberine to ct-DNA with Ksv= 9.46 107 M1 . Ksv value of ct-DNA-Berberine in the presence of H1 has been observed to be 3.10 107 M1 , indicating that the H1 has caused a reduction in the binding affinity of Berberine to ct-DNA. In the competitive emission spectrum, ethidium bromide (EB) and acridine orange (AO) have been examined as intercalators through the addition of Berberine to ct-DNA complexes, which includes ctDNA-EB and ctDNA-AO. Although in the presence of histone H1 , we have observed signs of competition through the induced changes within the emission spectra, yet there has been apparently no competition between the ligands and probes. The viscosity results have confirmed the different behaviors of interaction between ctDNA and Berberine throughout the binary and ternary systems. We have figured out the IC50 and viability percent values at three different time durations of interaction between Berberine and MCF7 cell line. The molecular experiments have been completed by achieving the results of MTT assay, which have been confirmed to be in good agreement with molecular modeling studies.
