چکیده
مقدمه
چند مطالعه در رابطه با فرایند تشخیص SARS-CoV-2
توالی مرجع و از بین رفتن پرایمرهای SARS-CoV-2
ضرورت طراحی یک توالی مرجع
ایجاد توالی مرجع
ضرورت طراحی پرایمرهای از بین رفته
طراحی پرایمرهای از بین رفته
تجزیه و تحلیل پرایمرهای و کاوشگرهای از قبل گزارش شده
مقایسه ژن های هدف: ژن E، ORF 1 ab و ژن N
بهبود حساسیت تست RT-qPCR
اصول کلی استراتژی طراحی پرایمر/کاوشگر
نتیجه گیری
منابع
چکیده
در دسامبر 2019، یک بیمار کروناویروس جدید (COVID-19) در ووهان چین شیوع پیدا کرد. سندرم کروناویروس-2 حاد تنفسی (SARS-CoV-2) که هفتمین کروناویروس شناخته شده عفونی انسان است، بسیار واگیر بوده و از زمان کشف آن به سرعت در سراسر جهان گسترش یافته است. تست کمی نوکلئیک اسید استانداردی طلایی برای تشخیص و هدایت تصمیمات بالینی با توجه به درمان ضدویروسی است. اگرچه آزمایشات RT-qPCR، SARS-CoV-2 را هدف قرار می دهند دارای چالش هایی نیز هستند، به ویژه در رابطه با طراحی پرایمر. پرایمرها اجزای کلیدی تست RT-qPCR هستند. وقتی جهش ویروسی و بازآرایی رخ می دهد، تشخیص موثر عفونت ویروسی از طریق پرایمرهای RT-qPC موجود دشوار است. برخی پرایمرها و کاوشگرها در وبسایت WHO برای مراجعه وجود دارند. با این وجودف هیچ بررسی سیستماتیکی در مقایسه با پرایمرها و کاوشگرهای گزارش شده از قبل وجود ندارد توضیحی وجود ندارد که پرایمرهای جدید در زمان شیوع آلودگی کرونایروس چطور طراحی می شوند. این مطالعه بر روش و عقلانی بودن نحوه طراحی کاوشگرها و پرایمرها تاکید دارد، و نشان می دهد که چطور حساسیت و اختصاصیت فرایند شناسایی می تواند بهبود پیدا کند. این مطالعه مروری مختصر برای تشخیص صحیح و درمان عفونت کروناویروس جدید مفید است.
چند مطالعه در رابطه با فرایند تشخیص SARS-CoV-2
در حال حاضر، توالی های ژنی شش کروناویروس شناخته شده منتشر شده است (HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoVHKU1, HCoV-OC43,MERS-CoV, and SARS-CoV) و پرایمرها و کاوشگرها می توانند بر اساس اطلاعات ژنومی موجود طراحی شوند. وقتی یک کروناویروس ناشناخته به طور ناگهانی ظاهر می شود و نوع جدیدی از آلودگی مسری را سبب می شود، چطور باید واکنش نشان دهیم؟ در چنین شرایطی، طراحی پرایمرهای موثر با اختصاصیت و حساسیت بالا می تواند ارزش بالایی در تشخیص، ردیابی و پیگیری داشته باشد. طراحی پرایمرهای SARS-CoV-2 و کاوشگرها و فرایند تجزیه و تحلیل گام به گام برای تشخیص درست ویروس در شکل 1 نشان داده شده است.
توالی مرجع و از بین رفتن پرایمرهای SARS-CoV-2
آزمایش ها تنها در صورتی مفید هستند که هدف صحیح شناسایی شده و در طرحی آزمایش استفاده شود. درنتیجه، لازم است که اطلاعات کافی در زمینه ژنوم RNA داشته باشیم. اولین گام به دست آوردن حداکثر میزان اطلاعات از پایگاه داده های توالی است؛ مهم است که به تعداد رونوشت مجزا یا الحاقی توالی های مرتبط برای طراحی آزمایش اشاره شود.