تلفن: ۰۴۱۴۲۲۷۳۷۸۱
تلفن: ۰۹۲۱۶۴۲۶۳۸۴

ترجمه مقاله رویکرد بهینه سازی ازدحام ذرات برای پیش بینی ساختار پروتئین در مدل سه بعدی HP – نشریه اشپرینگر

عنوان فارسی: رویکرد بهینه سازی ازدحام ذرات برای پیش بینی ساختار پروتئین در مدل سه بعدی HP
عنوان انگلیسی: Particle Swarm Optimization Approach for Protein Structure Prediction in the 3D HP Model
تعداد صفحات مقاله انگلیسی : 12 تعداد صفحات ترجمه فارسی : 20
سال انتشار : 2012 نشریه : اشپرینگر - Springer
فرمت مقاله انگلیسی : PDF فرمت ترجمه مقاله : ورد تایپ شده
کد محصول : 8959 رفرنس : دارد
محتوای فایل : zip حجم فایل : 1.87Mb
رشته های مرتبط با این مقاله: زیست شناسی
گرایش های مرتبط با این مقاله: بیوانفورماتیک
مجله: علوم بین رشته ای: علوم چرخه محاسباتی - Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences
دانشگاه: گروه علوم کامپیوتر و ریاضیات، دانشگاه آمریکایی لبنان
کلمات کلیدی: روش اصول اولیه، مدل HP، بهینه سازی ازدحام ذرات، پیش بینی ساختار پروتئین
وضعیت ترجمه عناوین تصاویر و جداول: ترجمه شده است
وضعیت ترجمه متون داخل تصاویر و جداول: ترجمه نشده است
وضعیت فرمولها و محاسبات در فایل ترجمه: به صورت عکس، درج شده است
ترجمه این مقاله با کیفیت عالی آماده خرید اینترنتی میباشد. بلافاصله پس از خرید، دکمه دانلود ظاهر خواهد شد. ترجمه به ایمیل شما نیز ارسال خواهد گردید.
فهرست مطالب

چکیده

1. مقدمه

2. پیش زمینه ای در مورد بهینه سازی ازدحام ذرات

3. PSO برای پیش بینی ساختار پروتئین

3.1 ارائه راه حل

3.2 الگوریتم ترمیم

3. 3 تابع هدف

3.4 به روز رسانی موقعیت

3.5 بررسی نرخ و سیاست انتخاب اسیدهای آمینه

3.6 معیار پذیرش ذره جدید و معیار توقف

4. نتایج تجربی و بحث

4.1 رویه‌ی تجربی

4.1.1. داده ها

4.1.2. نسخه های الگوریتم PSO

4.1.3 معیارهای مورد استفاده

4. 1. 4 پارامترها

4.2 نتایج

5. نتیجه گیری

نمونه متن انگلیسی

Abstract

The primary structure of proteins consists of a linear chain of amino acids that can vary in length. Proteins fold, under the influence of several chemical and physical factors, into their 3D structures, which determine their biological functions and properties. Misfolding occurs when the protein folds into a 3D structure that does not represent its native structure, which can lead to diseases. Due to the importance of this problem and since laboratory techniques are not always feasible, computational methods for characterizing protein structures have been proposed. In this paper, we present a particle swarm optimization (PSO) based algorithm for predicting protein structures in the 3D hydrophobic polar model. Starting from a small set of candidate solutions, our algorithm efficiently explores the search space and returns 3D protein structures with minimal energy. To test our algorithm, we used two sets of benchmark sequences of different lengths and compared our results to published results. Our algorithm performs better than previous algorithms by finding lower energy structures or by performing fewer numbers of energy evaluations.

نمونه متن ترجمه

چکیده

ساختار اولیه‌ی پروتئین ها متشکل از یک زنجیره خطی از اسیدهای آمینه است که می‌توانند دارای طول متغیر باشند. پروتئین‌ها، تحت تاثیر عوامل متعدد شیمیایی و فیزیکی، به ساختارهای سه بعدی تا می‌خورند که وظایف و خواص بیولوژیکی آنها را تعیین می کند. تا خوردن نامناسب هنگامی رخ می دهد که پروتئین به صورت یک ساختار سه بعدی تا می خورد که ساختار طبیعی آن را نشان نداده و می‌تواند به بیماری منجر شود. با توجه به اهمیت این مسئله و به این علت که تکنیک های آزمایشگاهی همیشه عملی نیستند، روش های محاسباتی برای توصیف ساختار پروتئین پیشنهاد شده اند. در این مقاله، ما یک الگوریتم مبتنی بر بهینه سازی ازدحام ذرات (PSO) را برای پیش بینی ساختارهای پروتئین در مدل قطبی آبگریز سه بعدی ارائه می‌دهیم. با شروع از یک مجموعه کوچک از راه حل های کاندید، الگوریتم ما به طور موثر به بررسی فضای جستجو می پردازد و ساختارهای پروتئینی سه بعدی را با حداقل انرژی باز می گرداند. برای آزمایش الگوریتم خود، ما از دو مجموعه از توالی‌های معیار با طول های مختلف استفاده نمودیم و نتایج خود را با نتایج منتشر شده مقایسه کردیم. الگوریتم ما با پیدا کردن ساختارهای انرژی پایین‌تر و یا با انجام تعداد کمتری از ارزیابی های انرژی، بهتر از الگوریتم های قبلی عمل می کند.