چکیده

پیش زمینه: اخیراً کروناویروس نوظهوری (2019-nCoV) در ارتباط با انتقال انسان به انسان و عفونت شدید در انسان ها در شهر ووهان چین گزارش شده است. هدف ما توصیف روابط ژنتیکی کروناویروس نوظهور و جست و جو برای یافتن نوترکیبی‌ مفروض در بین زیرسرده‌ ی ساربکوویروس بوده است.

روش‌ها: نوترکیبی مفروض با استفاده از برنامه های RDP4 و Simplot نسخه 3.5.1 مورد بررسی قرار گرفت و خوشه بندی تبارزایشی نامتجانس در قطعات ژنومی واحد با کمک ارزیابی تبارزاشی و با استفاده از بزرگنمایی بیشینه و روش های بیزی تایید گردید.

نتایج: ارزیابی ما مطرح کننده آن است که گرچه کروناویروس نوظهور در سراسر ژنوم خود ارتباط نزدیکی با توالی RaTG13 کروناویروس خفاشی دارد (شباهت توالی 96.3%)، خوشه بندی نامتجانسی با توالی های کروناویروس های شبه سارس خفاشی (bat-SARS like) از خود نشان می دهد. به ویژه، در بخش '5 دربردارنده ی 11498 نوکلئوتید اول و بخش نهایی '3 دربردارنده ی جایگاه‌ های 30696-24341، کروناویروس نوظهور و RaTG13 با توالی های کروناویروس شبه سارس خفاشی خوشه ی واحدی تشکیل می دهند، درحالیکه در ناحیه ی میانی شامل انتهای '3 ORF1a، ORF1b و تقریبا نیمی از نواحی زوائد گرزی شکل، کروناویروس نوظهور و RaTG13 در دودمان مجزایی با فاصله از کروناویروس خفاشی در درون شاخه ی ساربکوویروس گروه بندی شده اند.

جمع بندی: سطوح شباهت ژنتیکی در بین کروناویروس نوظهور 2019 و RaTG13 بیانگر آن است که دومی نوعِ بخصوصی که عامل همه گیری در انسان هاست را به دست نمی دهد، اما این فرضیه که کروناویروس نوظهور از خفاش ها به وجود آمده است، بسیار محتمل می باشد. ما شواهدی را ارائه می نماییم که مطرح می کند کروناویروس نوظهور (2019-nCoV) موزائیکی نبوده و در دست کم نیمی از ژنوم خود از یک دودمان منحصر به فرد در بتاکروناویروس ها تشکیل شده است. این خصوصیات ژنومی و هم بستگی بالقوه ی آنها با ویژگی های ویروس و بیماری زایی در انسان ها درخور توجه آتی است.

خانواده ی کروناویریده شامل تعداد زیادی از ویروس هایی است که در طبیعت در پرندگان و پستانداران یافت می گردند (کان و مک‌اینتاش، 2005؛ فر و پرلمن، 2015 ). کروناویروس های انسانی که نخست در دهه ی 1960 توصیف شدند، در ایجاد درصد بالایی از عفونت های تنفسی هم در کودکان و هم در بزرگسالان نقش دارند (کان و مک‌اینتاش، 2005؛ پالز و همکاران، 2020 ).

شکل 1.A. آرایش ژنومی کروناویروس نوظهور (2019-nCoV) برمبنای جایگاه های موجود در چینش ویرایش شده. B. ارزیابی Simplot از کروناویروس نوظهور 2019 (NC_045512_Wuhan_Hu-1) در مقابل توالی های موجود در زیرسرده ی ساربکوویروس. رنگ های مختلف متناظر با شباهت های نوکلئوتیدی میان کروناویروس نوظهور 2019 و گروه های گوناگون می باشد. نواحی با خوشه بندی تبارزایشی نامتجانس کروناویروس نوظهور 2019 با توالی های کروناویروس شبه سارس خفاشی با رنگ های مختلف نشان داده شده است. C. درخت های تبارزایشی بیشینه درست نمایی (ML)، چنانکه با آنالیز Simplot نشان داده شده است، در نواحی ژنومی متفاوت به دست آمد. نواحی ژنومی با شماره هایی در بالا یا در سمت چپ درخت ها نمایش داده شده اند. توالی کروناویروس نوظهور 2019 با رنگ قرمز مشخص شده و ستاره ها نمایانگر نقاط مهم دریافت 100% بوت استرپ و احتمال پسین برابر 1 می باشند (برای تفسیر عطف به رنگ ها در این توضیحات شکل، خواننده به نسخه ی وب این مقاله ارجاع داده می شود).