تلفن: ۰۴۱۴۲۲۷۳۷۸۱
تلفن: ۰۹۲۱۶۴۲۶۳۸۴

ترجمه مقاله بازسازی مدل های متابولیک در مقیاس ژنوم برای ۱۲۶ بافت انسانی با استفاده از mCADRE – نشریه BMC

عنوان فارسی: بازسازی مدل های متابولیک در مقیاس ژنوم برای 126 بافت انسانی با استفاده از mCADRE
عنوان انگلیسی: Reconstruction of genome-scale metabolic models for 126 human tissues using mCADRE
تعداد صفحات مقاله انگلیسی : 16 تعداد صفحات ترجمه فارسی : 38 (3 صفحه رفرنس انگلیسی)
سال انتشار : 2012 نشریه : BMC
فرمت مقاله انگلیسی : PDF فرمت ترجمه مقاله : ورد تایپ شده
فونت ترجمه مقاله : بی نازنین سایز ترجمه مقاله : 14
نوع مقاله : ISI پایگاه : اسکوپوس
نوع ارائه مقاله : ژورنال ایمپکت فاکتور(IF) مجله : 2.044 در سال 2018
شاخص H_index مجله : 73 در سال 2019 شاخص SJR مجله : 0.972 در سال 2018
شناسه ISSN مجله : 1752-0509 شاخص Q یا Quartile (چارک) : Q2 در سال 2018
کد محصول : F1491 وضعیت ترجمه : ترجمه شده و آماده دانلود
محتوای فایل : zip حجم فایل : 3.45Mb
رشته و گرایشهای مرتبط با این مقاله: زیست شناسی، بیوشیمی، علوم سلولی و مولکولی و ژنتیک
مجله: بیولوژی سیستم های BMC
دانشگاه: موسسه بیولوژی سیستم ها، ایالات متحده آمریکا
کلمات کلیدی: بازسازی شبکه متابولیک خودکار، مغز، متابولیسم سرطان، مدل متابولیک خاص-بافت، مدل سازی مبتنی بر محدودیت
کلمات کلیدی انگلیسی: Automated metabolic network reconstruction - Brain - Cancer metabolism - Tissue-specific metabolic model - Constraint-based modeling
وضعیت ترجمه عناوین تصاویر و جداول: ترجمه شده است ✓
وضعیت ترجمه متون داخل تصاویر و جداول: جداول ترجمه شده است ✓ تصاویر ترجمه نشده است ☓
وضعیت ترجمه منابع داخل متن: به صورت عدد درج شده است ✓
وضعیت فرمولها و محاسبات در فایل ترجمه: به صورت عکس، درج شده است
بیس: نیست☓
مفهومی: ندارد☓
پرسشنامه: ندارد☓
متغیر: ندارد☓
رفرنس: دارای رفرنس در داخل متن و انتهای مقاله
رفرنس در ترجمه: در داخل متن و انتهای مقاله درج شده است
doi یا شناسه دیجیتال: https://doi.org/10.1186/1752-0509-6-153
ترجمه این مقاله با کیفیت متوسط انجام شده است. بلافاصله پس از خرید، دکمه دانلود ظاهر خواهد شد. ترجمه به ایمیل شما نیز ارسال خواهد گردید.
فهرست مطالب

چکیده

پیش زمینه

نتایج و بحث

بررسی اجمالی روش و ویژگی های سودمند mCADRE

اعتبارسنجی مبتنی بر-پوشش و عملکردی برای یک مدل کبد ساخته شده mCADRE

مدل کبد مبتنی بر mCADRE از نظر عملکردی با مدل کبد موجود قابل مقایسه است

mCADRE برای تولید مدل با توان عملیاتی بالا

دانشنامه-خاص-بافت از متابولیسم تجزیه و تحلیل جهانی بافت انسان را میسر می سازد

توزیعات واکنش های مدل TSEM متناظر با ویژگی های شناخته شده از بافت مغز و تومور هستند

مقایسه مدل های کلیه TSEM با مدل متابولیک کلیه موجود

مقایسه mCADRE با روش INIT به تازگی منتشر شده

نتیجه گیری

روش ها

پردازش داده های بیان ژن

انتساب امتیازات شواهد به واکنش ها

شواهد مبتنی بر بیان

شواهد مبتنی بر اتصال

شواهد مبتنی بر سطح اعتماد

تنظیم مدل عمومی

آزمون عملکردی مدل های کبد

نمونه متن انگلیسی

Abstract

Background: Human tissues perform diverse metabolic functions. Mapping out these tissue-specific functions in genome-scale models will advance our understanding of the metabolic basis of various physiological and pathological processes. The global knowledgebase of metabolic functions categorized for the human genome (Human Recon 1) coupled with abundant high-throughput data now makes possible the reconstruction of tissue-specific metabolic models. However, the number of available tissue-specific models remains incomplete compared with the large diversity of human tissues.

Results: We developed a method called metabolic Context-specificity Assessed by Deterministic Reaction Evaluation (mCADRE). mCADRE is able to infer a tissue-specific network based on gene expression data and metabolic network topology, along with evaluation of functional capabilities during model building. mCADRE produces models with similar or better functionality and achieves dramatic computational speed up over existing methods. Using our method, we reconstructed draft genome-scale metabolic models for 126 human tissue and cell types. Among these, there are models for 26 tumor tissues along with their normal counterparts, and 30 different brain tissues. We performed pathway-level analyses of this large collection of tissue-specific models and identified the eicosanoid metabolic pathway, especially reactions catalyzing the production of leukotrienes from arachidnoic acid, as potential drug targets that selectively affect tumor tissues.

Conclusions: This large collection of 126 genome-scale draft metabolic models provides a useful resource for studying the metabolic basis for a variety of human diseases across many tissues. The functionality of the resulting models and the fast computational speed of the mCADRE algorithm make it a useful tool to build and update tissue-specific metabolic models.

نمونه متن ترجمه

چکیده

پیش زمینه: بافت های انسانی، وظایف متابولیک متنوع را انجام می دهند. ترسیم این وظایف خاص-بافت در مدل های مقیاس-ژنوم، درک ما را از اساس متابولیک فرآیندهای مختلف فیزیولوژیک و پاتولوژیک پیشرفت خواهد داد. مرکز آموزش جهانی وظایف متابولیک طبقه بندی شده برای ژنوم انسان (Human Recon 1) همراه با داده هایی با توان عملیاتی بالا در حال حاضر امکان بازسازی مدل های متابولیک خاص-بافت را فراهم می سازد. با این حال، تعدادی از مدل های خاص-بافت در دسترس در مقایسه با تنوع زیادی از بافت های انسانی ناقص باقی مانده است.

نتایج: ما یک روش به نام خاصیت-زمینه متابولیک مورد ارزیابی توسط ارزیابی واکنش قطعی (mCADRE) را توسعه دادیم. mCADRE قادر به استنتاج یک شبکه خاص-بافت بر اساس داده های بیان ژن و توپولوژی شبکه متابولیک همراه با ارزیابی قابلیت های عملکردی در طول ساخت مدل است. mCADRE، مدل ها را با قابلیت مشابه و یا بهتر تولید می کند و به سرعت محاسباتی چشمگیر بیش از روش های موجود دستیابی پیدا می کند. با استفاده از روش ما، ما مدل های متابولیک پیش نویس در مقیاس ژنوم را برای 126 بافت و انواع سلول انسانی بازسازی نمودیم. در این میان، مدل هایی برای 26 بافت تومور همراه با همتایان عادی خود، و 30 بافت مختلف مغزی وجود دارد. ما تجزیه و تحلیل هایی در سطح مسیر را برای این مجموعه بزرگ از مدل های خاص-بافت انجام دادیم و مسیر متابولیک ایکوزانوئید، به ویژه واکنش های تسریع کننده تولید لوکوترین ها را از اسید آراکیدونیک، به عنوان اهداف دارویی بالقوه که به صورت انتخابی، بافت های تومور را تحت تاثیر قرار می دهند شناسایی نمودیم.

نتیجه گیری ها: این مجموعه بزرگ از 126 مدل های متابولیک پیش نویس در مقیاس ژنوم، یک منبع مفید برای مطالعه اساس متابولیک را برای انواع بیماری های انسانی در بسیاری از بافت ها فراهم می کند. عملکرد مدل های حاصل و سرعت محاسباتی سریع الگوریتم mCADRE آن را به یک ابزار مفید برای ساخت و به روز رسانی مدل های متابولیک خاص-بافت تبدیل ساخته است.