تلفن: ۰۴۱۴۲۲۷۳۷۸۱
تلفن: ۰۹۲۱۶۴۲۶۳۸۴

ترجمه مقاله بازسازی توالی رونوشت نوپدید از توالی RNA با پلتفرم ترینیتی – نشریه Ncbi

عنوان فارسی: بازسازی توالی رونوشت نوپدید از توالی RNA با استفاده از پلتفرم ترینیتی برای تولید و تحلیل مرجع
عنوان انگلیسی: De novo transcript sequence reconstruction from RNA-Seq: reference generation and analysis with Trinity
تعداد صفحات مقاله انگلیسی : 43 تعداد صفحات ترجمه فارسی : 30
سال انتشار : 2014 نشریه : Ncbi
فرمت مقاله انگلیسی : PDF فرمت ترجمه مقاله : ورد تایپ شده
کد محصول : F891 رفرنس : دارد
محتوای فایل : zip حجم فایل : 4.04Mb
رشته های مرتبط با این مقاله: زیست شناسی
گرایش های مرتبط با این مقاله: ژنتیک، میکروبیولوژی و بیوشیمی
مجله: پروتکل های طبیعت - Nature Protocols
دانشگاه: گروه علوم بیوشیمی پزشکی و میکروبیولوژی، دانشگاه اوپسالا، سوئد
وضعیت ترجمه عناوین تصاویر و جداول: ترجمه نشده است
وضعیت ترجمه متون داخل تصاویر و جداول: ترجمه نشده است
وضعیت فرمولها و محاسبات در فایل ترجمه: به صورت عکس، درج شده است
ترجمه این مقاله با کیفیت متوسط انجام شده است. بلافاصله پس از خرید، دکمه دانلود ظاهر خواهد شد. ترجمه به ایمیل شما نیز ارسال خواهد گردید.
فهرست مطالب

چکیده

مقدمه

مروری اجمالی بر همگذار توالی یابی RNA ترینیتی

بسته تجزیه تحلیل ترانسکریپتوم برای موجودات غیر مدل

مقایسه ترانسکریپتوم ها در نمونه ها

برآورد فراوانی رونوشت

تجزیه تحلیل رونوشت های با بیان ژن دیفرانسیل

محدودیت های رویکرد ترینیتی برای تحلیل ترانسکریپتوم

بسته های تجزیه تحلیل جایگزین

مرور پروتکل

مواد

تجهیزات

راه اندازی تجهیزات

داده های راهنما و کمکی

قرائت ها برای تجمیع و همگذاری

ارزیابی کیفیت (توصیه شده ولی اختیاری) (زمان:90 دقیقه)

برآورد فراوانی با استفاده از RSEM (زمان:40 تا 60 دقیقه)

تجزیه تحلیل بیان دیفرانسیل با استفاده از edgeR، زمان کم تر از 5 دقیقه

خودکار سازی بخش های مورد نیاز روش: زمان 2-3 ساعت

عیب یابی

زمان بندی

نتایج پیش بینی شده

نمونه متن انگلیسی

Abstract

De novo assembly of RNA-Seq data allows us to study transcriptomes without the need for a genome sequence, such as in non-model organisms of ecological and evolutionary importance, cancer samples, or the microbiome. In this protocol, we describe the use of the Trinity platform for de novo transcriptome assembly from RNA-Seq data in non-model organisms. We also present Trinity’s supported companion utilities for downstream applications, including RSEM for transcript abundance estimation, R/Bioconductor packages for identifying differentially expressed transcripts across samples, and approaches to identify protein coding genes. In an included tutorial we provide a workflow for genome-independent transcriptome analysis leveraging the Trinity platform. The software, documentation and demonstrations are freely available from http:// trinityrnaseq.sf.net.

نمونه متن ترجمه

چکیده

ترکیب جدید داده های توالی یابی دی ان ای به ما امکان مطالعه ترانسکریپتوم ها را بدون نیاز به یک توالی ژنومی نظیر ارگانیسم های غیر مدل با اهمیت تکاملیو اکولوژیکی، نمونه های سرطانی یا میکروبی می دهد. در این پروتوکل، ما به توصیف کاربرد پلتفرم ترینیتی برای ترکیب ترانسکریپتوم جدید از داده های توالی یابی دی ان ای در موجودات غیر مدل می پردازیم. هم چنین ما اجزای دیگر مربوط به ترینیتی را برای کاربرد های پایین دست از جمله RSEM و براورد فراوانی رونوشت، و بسته های بیوکنداکتور/R برای شناسایی رونوشت های بیان شده در نمونه ها و رویکرد ها برای شناسایی ژن های کد گذاری پروتین ارایه می کنیم. در یک راهنمای اموزشی، یک جریان کاری برای تحلیل ترانسکریپت وابسته به ژنوم برای پلتفرم ترینیتی ارایه شده است. نرم افزار، اسناد و مثال ها نیز از trinityrnaseq.sf.net قابل دسترس هستند.