رابطه بین بیماری های قلبی مادرزادی و آسیب های شریان های کرونری ممکن است مکانزیم های آسیب شناسی مختلف داشته باشد که به صورت مستقیم و یا غیر مستقیم و اکتسابی و یا ارثی باشد و تا حدی مبتنی بر نوع نقص و مداخله های جراحی می باشد. به عنوان مثال، حالت های غیر عادی مادرزادی در شریان های کرونری ممکن است باعث شکل گیری خون رسانی بیش از حد میوکاردی و انفارکتوس بشود. فیستول های کرونی مادرزادی که بیشتر شامل تغییر مسیر شریان کرونری سمت راست در بطن راست، سینوس های کرونری و یا دهلیز راست می شود،  ممکن است در اثر افزایش بار حجمی در سمت راست، انفارکتوس میوکاردی نیز دچار مشکلات بیشتری شده و باعث مرگ ناگهانی شود. به علاوه، موارد نادری از فشردگی شریان های کرونری نیز توصیف شده است که به دلیل سینوس اتساع والسالوا شکل می گیرد و می توان تا حدی آن را با استفاده از استنت در مسیر های شریان ریوی، و یا با استفاده از شیر های کاشتنی ریوی و یا زیر پوستی رفع کرد. تغییر مسیر های موجود در سیستم قلبی می تواند باعث شکل گیری امبولی و انتقال آن به مسیر گردش کرونری بشود که این موضوع در بیماران دارای مواد ترومبوژنیک قلبی، افزایش یافته است. ترمیم های جراحی، مانند فرایند های تغییرات شریانی برای جابجایی شریان های بزرگ که  شامل کاشت مجدد شریان های کرونری می باشد نیز ممکن است در اثر جریان مسدود در شریان های کرونری و انفارکتوس میوکاردی، با مشکل رو به رو شود. دیگر حالت های بیماری های قلبی مادرزادی، مانند گرفتگی های آئورت، مرتبط با فشار خون بالا می باشند که فشار خون بالا یکی از عوامل خطر برای تصلب شراین کرونری زود هنگام می باشد. این موضوع که آیا بیماری شریان های کرونری در افراد بالغ می تواند مرتبط با سبک زندگی کم تحرک باشد که در اثر محدودیت های عملکردی در اثر حالت های شدید در بیماری های قلبی مادرزادی ایجاد می شود یا خیر، می تواند یکی از موضوعات تحقیقاتی مهم باشد.