تلفن: ۰۴۱۴۲۲۷۳۷۸۱
تلفن: ۰۹۲۱۶۴۲۶۳۸۴

ترجمه مقاله مسدود کردن پرایمرها برای بهبود تکثیر توالی های کمیاب با PCR در نمونه های مختلط – نشریه BMC

عنوان فارسی: مسدود کردن پرایمرها برای بهبود تکثیر توالی های کمیاب با PCR در نمونه های مختلط - یک بررسی موردی درباره‌ DNA شکار در معده‌ کریل قطب جنوب
عنوان انگلیسی: Blocking primers to enhance PCR amplification of rare sequences in mixed samples – a case study on prey DNA in Antarctic krill stomachs
تعداد صفحات مقاله انگلیسی : 11 تعداد صفحات ترجمه فارسی : 18
سال انتشار : 2008 نشریه : BMC
فرمت مقاله انگلیسی : PDF فرمت ترجمه مقاله : ورد تایپ شده
کد محصول : 8972 رفرنس : دارد
محتوای فایل : zip حجم فایل : 1.92Mb
رشته های مرتبط با این مقاله: زیست شناسی
گرایش های مرتبط با این مقاله: ژنتیک، علوم جانوری و علوم سلولی و مولکولی
مجله: مرزها در جانورشناسی - Frontiers in Zoology
دانشگاه: گروه زیست شناسی، دانشگاه اسلو، نروژ
وضعیت ترجمه عناوین تصاویر و جداول: ترجمه شده است
وضعیت ترجمه متون داخل تصاویر و جداول: ترجمه شده است
ترجمه این مقاله با کیفیت عالی آماده خرید اینترنتی میباشد. بلافاصله پس از خرید، دکمه دانلود ظاهر خواهد شد. ترجمه به ایمیل شما نیز ارسال خواهد گردید.
فهرست مطالب

چکیده

پیشینه

روش‌ها

طراحی پرایمر

نمونه‌برداری و استخراج DNA

آزمون پرایمر‌های ممانعت‌کننده

تکثیر DNA شکار از معده‌ی کریل با PCR

شناسایی کلون‌ها

نتایج

عملکرد پرایمرهای ممانعت‌کننده

بررسی معده‌ی کریل

بحث

نتیجه‌گیری

نمونه متن ترجمه

Abstract

Background: Identification of DNA sequence diversity is a powerful means for assessing the species present in environmental samples. The most common molecular strategies for estimating taxonomic composition depend upon PCR with universal primers that amplify an orthologous DNA region from a range of species. The diversity of sequences within a sample that can be detected by universal primers is often compromised by high concentrations of some DNA templates. If the DNA within the sample contains a small number of sequences in relatively high concentrations, then less concentrated sequences are often not amplified because the PCR favours the dominant DNA types. This is a particular problem in molecular diet studies, where predator DNA is often present in great excess of food-derived DNA. Results: We have developed a strategy where a universal PCR simultaneously amplifies DNA from food items present in DNA purified from stomach samples, while the predator's own DNA is blocked from amplification by the addition of a modified predator-specific blocking primer. Three different types of modified primers were tested out; one annealing inhibiting primer overlapping with the 3' end of one of the universal primers, another annealing inhibiting primer also having an internal modification of five dI molecules making it a dual priming oligo, and a third elongation arrest primer located between the two universal primers. All blocking primers were modified with a C3 spacer. In artificial PCR mixtures, annealing inhibiting primers proved to be the most efficient ones and this method reduced predator amplicons to undetectable levels even when predator template was present in 1000 fold excess of the prey template. The prey template then showed strong PCR amplification where none was detectable without the addition of blocking primer. Our method was applied to identifying the winter food of one of the most abundant animals in the world, the Antarctic krill, Euphausia superba. Dietary item DNA was PCR amplified from a range of species in krill stomachs for which we had no prior sequence knowledge. Conclusion: We present a simple, robust and cheap method that is easily adaptable to many situations where a rare DNA template is to be PCR amplified in the presence of a higher concentration template with identical PCR primer binding sites.