تلفن: ۰۴۱۴۲۲۷۳۷۸۱
تلفن: ۰۹۲۱۶۴۲۶۳۸۴

ترجمه مقاله بهینه سازی گردش کار عملکرد و کیفیت سرویس برای کاربرد بیوانفورماتیک – نشریه الزویر

عنوان فارسی: بهینه سازی گردش کار عملکرد و کیفیت سرویس برای کاربرد بیوانفورماتیک در محاسبات با عملکرد بالا
عنوان انگلیسی: Workflow optimization of performance and quality of service for bioinformatics application in high performance computing
تعداد صفحات مقاله انگلیسی : 8 تعداد صفحات ترجمه فارسی : 18
سال انتشار : 2016 نشریه : الزویر - Elsevier
فرمت مقاله انگلیسی : PDF فرمت ترجمه مقاله : ورد تایپ شده
کد محصول : 5904 رفرنس : دارد
محتوای فایل : zip حجم فایل : 2.40Mb
رشته های مرتبط با این مقاله: زیست شناسی
گرایش های مرتبط با این مقاله: بیوانفورماتیک، ژنتیک و علوم سلولی و مولکولی
مجله: مجله علوم محاسباتی - Journal of Computational Science
دانشگاه: بخش تحقیقات بیومدیکال انفورماتیک، مرکز تحقیقات پزشکی سیدرا، قطر
کلمات کلیدی: محاسبات با کارایی بالا، الگوریتم BWA-MEM کیفیت خدمات، تعیین توالی نسل بعدی، مقیاس پذیری، عملکرد نرم افزار و موازی، بهره وری
وضعیت ترجمه عناوین تصاویر و جداول: ترجمه شده است
وضعیت ترجمه متون داخل تصاویر و جداول: ترجمه نشده است
ترجمه این مقاله با کیفیت عالی آماده خرید اینترنتی میباشد. بلافاصله پس از خرید، دکمه دانلود ظاهر خواهد شد. ترجمه به ایمیل شما نیز ارسال خواهد گردید.
فهرست مطالب

1. محاسبات با کارایی بالا برای بیوانفورماتیک ها

2. بررسی مقالات

3. بهینه سازی گردش کار برای برنامه های کاربردی بیوانفورماتیک

نشان گذاری و مفروضات

4. متدلوژی

5. نتایج و بحث

اعتبار سنجی نتایج

6. کار آینده

7. نتیجه گیری

نمونه متن انگلیسی

Abstract

Nowadays, High Performance Computing (HPC) systems commonly used in bioinformatics, such as genome sequencing, incorporate multi-processor architectures. Typically, most bioinformatics applications are multi-threaded and dominated by memory-intensive operations, which are not designed to take full advantage of these HPC capabilities. Therefore, the application end-user is responsible for optimizing the application performance and improving scalability with various performance engineering concepts. Additionally, most of the HPC systems are operated in a multi-user (or multi-job) environment; thus, Quality of Service (QoS) methods are essential for balancing between application performance, scalability and system utilization. We propose a QoS workflow that optimizes the balancing ratio between parallel efficiency and system utilization. Accordingly, our proposed optimization workflow will advise the end user of a selection criteria to apply toward resources and options for a given application and HPC system architecture. For example, the BWA-MEM algorithm is a popular and modern algorithm for aligning human genome sequences. We conducted various case studies on BWA-MEM using our optimization workflow, and as a result compared to a state-of-the-art baseline, the application performance is improved up to 67%, scalability extended up to 200%, parallel efficiency improved up to 39% and overall system utilization increased up to 38%.

نمونه متن ترجمه

امروزه ، سیستم های محاسباتی با کارایی بالا (HPC) بطور متداول در بیوانفورماتیک ها، مانند توالی ژنوم ، ترکیب ساختار چند پردازنده استفاده می شوند. بطور نمونه، اکثر کاربردهای بیوانفورماتیک چند رشته ای(نخی) هستند و تحت تسلط عملیات حافظه فشرده قرار می گیرند، که برای بهره برداری کامل استفاده از این قابلیت های HPC طراحی نشده اند. بنابراین، کاربر نهایی کاربردی ، مسئول بهینه کردن عملکرد کاربردی و بهبود مقیاس پذیری با مفاهیم مهندسی عملکردی گوناگون است. به علاوه ، بسیاری از سیستم های HPC در محیط های چند کاربره عمل می کنند (یا چند کاره) ؛ بنابراین، روش های کیفیت سرویس (QoS) برای ایجاد تعادل بین عملکرد برنامه کاربردی، مقیاس پذیری و بهره وری سیستم ضروری است. ما یک گردش کار QoS را پیشنهاد می کنیم که نسبت تعادل بین بازده (کارایی) موازی و بهره وری سیستم را بهینه سازی می کند. بر این اساس، گردش کار بهینه سازی پیشنهادی ما، کاربران نهایی را به یک معیار انتخابی در جهت بکار گیری منابع و گزینه ها برای یک برنامه کاربردی معین و ساختار سیستم HPC توصیه خواهد کرد. به عنوان مثال، الگوریتم BWA-MEM یک الگوریتم رایج و مدرن برای تنظیم توالی ژنوم انسانی است. ما مطالعات گوناگونی در مورد BWA-MEM با استفاده از گردش کار بهینه مان انجام دادیم، و نتیجه گرفتیم که در مقایسه با حالت پایه ی صنعتی ، عملکردهای برنامه کاربردی تا 67٪، بهبود یافته است و مقیاس پذیری تا 200٪ افزایش یافته است ، بازده موازی تا 39٪ بهبود یافته است و بهره وری کلی سیستم تا 38 درصد افزایش یافته است.