ترجمه مقاله بینش هایی نسبت به سیستم CRISPR/Cas در گاردنلاواژینالیس – نشریه BMC
| عنوان فارسی: | بینش هایی نسبت به سیستم CRISPR/Cas در گاردنلاواژینالیس |
| عنوان انگلیسی: | Insights into the CRISPR/Cas system of Gardnerella vaginalis |
| تعداد صفحات مقاله انگلیسی : 11 | تعداد صفحات ترجمه فارسی : 20 (2 صفحه رفرنس انگلیسی) |
| سال انتشار : 2012 | نشریه : BMC |
| فرمت مقاله انگلیسی : PDF | فرمت ترجمه مقاله : ورد تایپ شده |
| فونت ترجمه مقاله : بی نازنین | سایز ترجمه مقاله : 14 |
| نوع مقاله : ISI | نوع نگارش : مقالات پژوهشی (تحقیقاتی) |
| پایگاه : اسکوپوس | نوع ارائه مقاله : ژورنال |
| ایمپکت فاکتور(IF) مجله : 3.188 در سال 2018 | شاخص H_index مجله : 94 در سال 2019 |
| شاخص SJR مجله : 1.271 در سال 2018 | شناسه ISSN مجله : 1471-2180 |
| شاخص Q یا Quartile (چارک) : Q2 در سال 2018 | کد محصول : F1376 |
| محتوای فایل : zip | حجم فایل : 2.11Mb |
| رشته و گرایشهای مرتبط با این مقاله: پزشکی و زیست شناسی، میکروبیولوژی، باکتری شناسی پزشکی و علوم سلولی و مولکولی |
| مجله: میکروبیولوژی BMC |
| دانشگاه: موسسه بیوتکنولوژی، دانشگاه ویلنیوس، لیتوانی |
| کلمات کلیدی: Gardnerella vaginalis، واژینوز باکتریال، CRISPR/cas، فاصله انداز spacer، تکرار، PAM |
| کلمات کلیدی انگلیسی: Gardnerella vaginalis - Bacterial vaginosis - CRISPR/Cas - Spacer - Repeat - PAM |
| وضعیت ترجمه عناوین تصاویر و جداول: ترجمه نشده است ☓ |
| وضعیت ترجمه متون داخل تصاویر و جداول: ترجمه نشده است ☓ |
| وضعیت ترجمه منابع داخل متن: درج شده است ☓ |
| بیس: نیست☓ |
| مفهومی: ندارد☓ |
| پرسشنامه: ندارد☓ |
| متغیر: ندارد☓ |
| رفرنس: دارای رفرنس در داخل متن و انتهای مقاله |
| رفرنس در ترجمه: در انتهای مقاله درج شده است |
| doi یا شناسه دیجیتال: https://doi.org/10.1186/1471-2180-12-301 |
چکیده
زمینه
نتایج
نتیجه گیری ها
روش اجرا
سوشهای G. vaginalis
تکثیر CRISPR و تعیین توالی آن
تکثیر و تعیین توالی ژنهای cas
آنالیز توالی CRISPR
نتایج
معماری جایگاه ژنی CRISPR/Cas در سوشهای G. vaginalis
مشخصات توالی های تکرار و spacer CRISPR
آنالیز توالی های spacer CRISPR
بحث
نتیجه گیری ها
Abstract
Background: Gardnerella vaginalis is identified as the predominant colonist of the vaginal tracts of women diagnosed with bacterial vaginosis (BV). G. vaginalis can be isolated from healthy women, and an asymptomatic BV state is also recognised. The association of G. vaginalis with different clinical phenotypes could be explained by different cytotoxicity of the strains, presumably based on disparate gene content. The contribution of horizontal gene transfer to shaping the genomes of G. vaginalis is acknowledged. The CRISPR loci of the recently discovered CRISPR/Cas microbial defence system provide a historical view of the exposure of prokaryotes to a variety of foreign genetic elements. Results: The CRISPR/Cas loci were analysed using available sequence data from three G. vaginalis complete genomes and 18 G. vaginalis draft genomes in the NCBI database, as well as PCR amplicons of the genomic DNA of 17 clinical isolates. The cas genes in the CRISPR/Cas loci of G. vaginalis belong to the E. coli subtype. Approximately 20% of the spacers had matches in the GenBank database. Sequence analysis of the CRISPR arrays revealed that nearly half of the spacers matched G. vaginalis chromosomal sequences. The spacers that matched G. vaginalis chromosomal sequences were determined to not be self-targeting and were presumably neither constituents of mobile-element-associated genes nor derived from plasmids/viruses. The protospacers targeted by these spacers displayed conserved protospacer-adjacent motifs. Conclusions: The CRISPR/Cas system has been identified in about one half of the analysed G. vaginalis strains. Our analysis of CRISPR sequences did not reveal a potential link between their presence and the virulence of the G. vaginalis strains. Based on the origins of the spacers found in the G. vaginalis CRISPR arrays, we hypothesise that the transfer of genetic material among G. vaginalis strains could be regulated by the CRISPR/Cas mechanism. The present study is the first attempt to determine and analyse the CRISPR loci of bacteria isolated from the human vaginal tract.
چکیده
زمینه: گاردنلاواژینالیس (Gardnerella vaginalis) به عنوان کلنی غالب کانال واژینال زنان با تشخیص واژینوز باکتریال یا BV شناسایی شده است. G. vaginalis می تواند از زنان سالم جداسازی بشود، و یک حالت بدون نشانه BV هم تشخیص داده شده است. رابطه G. vaginalis با انواع مختلف فنوتیپ های بالینی را می توان با انواع مختلف سیتوتوکسیته سوشها بنا به پیش فرض براساس محتوای ژن جداگانه توضیح داد. نقش انتقال ژن افقی در شکل گیری ژنوم G. vaginalis مورد تایید می باشد. محل CRISPR سیستم دفاعی میکروبی CRISPR/Cas یک دیدگاه تاریخی را درباره تماس پرویوکاریوتها با انواع عناصر ژنتیکی خارجی فراهم می سازد.
نتایج: جایگاه ژنی CRISPR/Cas با استفاده از داده های توالی موجود از سه ژنوم کامل G. vaginalis و 18 ژنوم پیش نویس G. vaginalis در پایگاه داده NCBI و نیز آمپلی کون های PCR ی DNA ژنومی 17 سویه بالینی آنالیز گردیدند. ژنهای cas در جایگاه CRISPR/Cas در G. vaginalis متعلق به زیرنوع E. coli بوده است. تقریبا 20٪ از spacer ها در پایگاه داده GenBank مطابقت داشتند. تجزیه و تحلیل توالی از آرایه های CRISPR نشان داد که تقریبا نیمی از فاصله ها با توالی های کروموزومی G. Vaginalis همسان بودند. اسپاررها که توالی کروموزومی G. vaginalis همسان بودند تعیین شدند که خود هدف نباشند و احتمالا نه اجزای ژنهای مرتبط با عناصر متحرک و نه از پلاسمید ها / ویروس های مشتق شده بودند. spacer های اصلی هدف قرار داده شده توسط این spacer ها نشان دهنده موتیف های مجاور spacer های اصلی حفظ شده است.
نتیجه گیری ها: سیستم CRISPR / Caa در حدود نیمی از سوشهای آنالیز شده G. vaginalis را شناسایی کرده است. تجزیه و تحلیل ما روی توالی CRISPR یک ارتباط بالقوه را بین وجود آنها و بیماریزیایی گونه های G. vaginalis نشان نمی دهد. بر اساس منشا فاصله اندازهای spacer موجود در آرایه های CRISPR ی G. vaginalalis، ما این فرضیه را ارائه می کنیم که انتقال ماده ژنتیکی بین سوشهای G. vaginalis می تواند با مکانیزم CRISPR / Cas تنظیم شود. این مطالعه اولین تلاش برای تعیین و تجزیه و تحلیل جایگاه ژنی CRISPR باکتری جدا شده از کانال واژینال انسان است.
